Høsten 2000 vedtok bystyret forvaltningsplan for sentrale byfjell. Planen har ført til opprettelse av en forvalterstilling tilknyttet byfjellene, øremerkede midler til byfjellsforvaltningen og et byfjellsråd. Det er senere vedtatt en bruksplan for Fløyenområdet (2003), forvaltningsplan for byfjellene vest (2005), forvaltningsplan for byfjellene sør, delområde 1 (2011) og forvaltningsplan for byfjellene nord (2016). Det skal også utarbeides forvaltningsplan for Fanafjellet i Fana bydel (byfjellene sør - delområde 2) og Gullfjellsområdet i Arna bydel (byfjellene øst). Planene blir utarbeidet etappevis av ressursmessige årsaker.
Avtale med Bergens Skog- og Træplantingsselskap
I januar 2009 ble det inngått en avtale mellom Bergen kommune og Bergens Skog- og Træplantingsselskap om forvaltning av kommunale arealer på byfjellene. Formålet med avtalen er å regulere forholdet mellom kommunen og skogselskapets forvaltning innenfor nærmere bestemte deler av byfjellene.
Avtalen erstatter avtalen mellom Bergen kommune og Bergens Skog- og Træplantingsselskap datert 17.07.1958.
Til grunn for avtalen ligger et felles ønske om å utvikling og skjøtte skogen og arealene for øvrig, med sikte på å ivareta arealenes kvaliteter som landskap med natur og kulturminner, som arena for friluftsliv/fysisk aktivitet, for biologisk mangfold og som nedslagsfelt for byens drikkevannsforsyning.